De geologische collectie was eigendom van de Universiteit van Amsterdam (UvA) en is oorspronkelijk opgebouwd uit schenkingen. In 1810 werd C.G.C. Reinwardt benoemd tot ordinarius van de natuurhistorische collecties en dat was het begin van het onderzoek en waardering voor geologische en paleontologische collecties in Amsterdam. In 1883 kreeg de latere Nobelprijswinnaar Van ’t Hoff een mineralogisch-kristallografisch kabinet welke hij aan de Universiteit schonk. Deze schenking markeerde de oprichting van de geologische collectie van de Universiteit. In 1892 kwamen de Gemeente Amsterdam en het Koninklijk Zoölogisch Genootschap ‘Natura ARTIS Magistra’ overeen dat de zoölogische, geologische en paleontologische collecties van zowel de Universiteit en het Genootschap met elkaar zouden worden verenigd. Onderzoekers, UvA professoren en verzamelaars zoals Eugene Dubois, Max Weber, G. Molengraaff en H.A. Brouwer zorgden in de periode daarna voor universitair-wetenschappelijke aandacht voor de geologie en paleontologie en doneerden in een aantal gevallen hun collecties aan het Geologisch-Mineralogisch Laboratorium (het latere Geologische Instituut). Vanaf 1934 is het Geologisch Museum gevestigd geweest in het Geologisch Instituut van de UvA.

Bij de opheffing van het Geologisch Instituut bij de UvA in 1988 raakten de vele collecties van het instituut verweesd. De collectie van het Geologisch Museum werd in 1989 opgesplitst en verdeeld.  In 2002 is de rest van de geologische en paleontologische collectie bij de UvA afgestoten en is er opnieuw een groot deel van de UvA collectie bij ARTIS terecht gekomen als permanente bruikleen. Het andere laatste deel is geschonken aan Naturalis Biodiversity Center in Leiden.

Het ARTIS Geologisch Museum (AGM) heeft bestaan van 1992 tot 2013 totdat het pand dat het museum huisvestte gesloopt werd ten behoeve van de verbouwing van de Plantage en ledenlokalen en de komst van Micropia en het ARTISplein. In 2011 sloot het museum al voor het publiek. In 2007/2008 is een begin gemaakt met het uitzoeken van de AGM-collectie waarbij de toenmalige collectiebeheerders en onderzoekers die in dienst waren van het AGM-ARTIS een deel van de collectie hebben geselecteerd samen met medewerkers van Naturalis. Naturalis Biodiversity Center heeft toen een groot deel (ongeveer 52.000 objecten) overgenomen.  Andere kleinere collectieonderdelen zijn onder andere herplaatst bij het Natuurmuseum Nijmegen (nu De Bastei), het Natuurhistorisch Museum Maastricht, Geological Research and Development Centre in Bandung, Indonesië en het Museum für Ur- und Frühgeschichte te Hagen, Duitsland. Overgebleven waren delen voor educatie en de geologische opstelling in het museum dat toen nog open was. Deze restcollectie van ongeveer 4000-6000 objecten is opgeslagen in interne en externe depots. Tijdens de ontwikkeling van het Groote Museum is gekeken of er objecten waren die gebruikt konden worden voor dit museum. Een aantal objecten zijn daadwerkelijk gebruikt en nu te zien in het Groote Museum.

De rest van de overgebleven collectie wordt nu geïnventariseerd door Archaeoconchology en uiteindelijk aangeboden aan diverse geïnteresseerde musea. Eerst zal de collectie op de afstotingsdatabase van de Museumvereniging geplaatst worden volgens de LAMO procedure waarna de uiteindelijk collectie dus herplaatst zal worden in 2023/2024.